1. نوک: نوک خودکار آبرنگ عموما گرد است در حالی که نوک خودکار نشانگر صاف است که به نوک فیبر و نوک فوم تقسیم می شود.
2. جوهر: نشانگرها بر پایه آب، روغن و الکل هستند، در حالی که خودکارهای آبرنگ فقط یک نوع آب دارند.
3. رنگآمیزی: خودکارهای آبرنگ نمیتوانند رنگها را روی هم قرار دهند، اما نشانگرها میتوانند رنگها را روی هم قرار دهند. رنگ نشانگرها راحت تر از خودکارهای آبرنگ است.
4. استفاده: مزیت قلم آبرنگ این است که آب کافی دارد، رنگ آن غنی و روشن است و عیب آن ناهمواری آب، غیر طبیعی بودن انتقال و آشتی دادن دو رنگ با هم آسان نیست، بنابراین به طور کلی برای نقاشی کودکان مناسب است و همچنین می تواند به عنوان نشانگر استفاده شود.
مزیت نشانگر این است که آب یکنواخت است و عیب آن این است که کنتراست رنگ ضعیف تر است، اما این دو می توانند به خوبی با هم هماهنگ شوند و می توانند رندرهای معماری و رندرهای طراحی صنعتی را ترسیم کنند.
